言峰から「聖杯戦争」のことを聞いた士郎は、戦いを決意する。その彼の前に不思議な少女イリヤと彼女のサーヴァント“バーサーカー”が立ちはだかる。
手にした者の願いを叶えるという聖杯をめぐり、“聖杯戦争”と呼ばれる魔術師同士の戦いを壮大なスケールで描く。
